Avec la création de manufactures modernes au début du XIXe siècle, émerge en France une véritable verrerie de luxe, en concurrence avec les autres foyers européens. Le cristal au plomb est la matière à la mode, qu’elle soit pressée en série dans des moules, taillée pour magnifier ses qualités optiques ou colorée, et rivalisant avec les porcelaines ou l’orfèvrerie.
Les « cristaux opales », ou opalines, sont l’originalité la plus grande de cette production française et le point fort de la collection, rassemblées par dons et par legs, autours de la personnalité de Yolande Amic, grande spécialiste et conservateur au musée. Ce sont à Mathilde Sée, William Odom, Mme Albert Koenigwerther-King, Ruth Paumier-Montagu et Edmée Indig-Guérin que le musée doit cet ensemble exceptionnel.
À Paris, autour du pôle de commerce de luxe du Palais-Royal, naît également la première école française de verre gravé, relayée par l’arrivée de graveurs de Bohême. Le musée n’est pas aussi riche en cristaux transparents qu’en cristaux de couleur, mais les cristaux incrustés de céramique ou d’or émaillés sont entrés dès 1925 avec les dons et legs de David David-Weill et Georges Contenau.
Lors des premières acquisitions contemporaines, de 1878 à 1889, le musée s’enrichit de tours de force vénitiens et autrichiens, mêlant les styles historiques et réinterprétant les canons classiques, souvent en surdimentionnant et en surdécorant les modèles originaux. Les références Renaissance, orientales et japonaises, avec lesquelles joue alors le cristal transparent de Baccarat entrent aussi à cette époque au musée, alors que les relectures de la tradition polychrome par la cristallerie Saint-Louis sont des enrichissements plus récents.